宋建炎二年（1128年），孔子四十八世嫡长孙、衍圣公孔端友扈跸南渡。

    宋建炎三年（1129年），高宗建都临安（杭州），衍圣公孔端友偕从父孔传诣阙上疏，因功赐家衢州。绍兴六年（1136年），宋高宗下诏，权以衢州州学为孔氏家庙，并赐田五顷，以奉祭祀和瞻养族中幼单孤寡。

    宝祐元年（1253年）仲夏，北归无望，衍圣公孔洙及衢州知府孙子秀奏请新建家庙，宋理宗拨款三十六万缗，诏建家庙於城东北菱湖芙蓉堤上，“其制略同于曲阜”，“广至二百二十有五楹”，次年仲春落成。有玄圣殿、郓国夫人殿、齐国公殿、鲁国太夫人殿，祠祀沂水、泗水二侯于两庑之中，还有思鲁堂和咏春亭等建筑。

    至元十三年（1276年），菱湖家庙毁于兵燹，旋迁於城南，但“其制已非宝祐之旧”。

    至元十九年（1283年），廷议认定孔氏南宗为圣人之宗子，元始祖乃召孔子五十三世嫡长孙、衍圣公孔洙赴京，令其载爵返曲阜奉祀祖庙；孔洙以庙墓在衢为由，让爵於曲阜族弟孔治，元始祖赞其“宁为荣而不违道，真圣人后也”，改任其国子监祭酒归守江南庙祀。从此，孔氏大宗失爵。

    至正十九年（1359年）朱元璋攻克衢州，命衢州守将王恺修葺孔氏家庙。

    明弘治十八年(1505年)，衢州知府沈杰向明孝宗朱祐樘上疏，称：“衢州圣庙，自孔洙让爵之后，衣冠礼仪，猥同氓庶。今访得洙六世孙孔彦绳，请授于官，俾主祭事。”次年，即正德元年(1506年)，接位的武宗朱厚照秉承先皇旨意，封孔彦绳为翰林院五经博士，子孙世袭。这样，衢州孔氏大宗在失去爵位224 年之后，又得到了封号。

    正德十五年（1520年），朝廷拨下巨款，迁建孔氏南宗家庙于先义坊西安县学宫旧址（即今庙址新桥街），次年落成，并建有孔府，占地十亩余。建庙时栽下的银杏树与柏树至今仍枝繁叶茂。

    万历十二至十六年（1584－1588年）间，衢州知府廖希元主持家庙修葺。

    康熙十三年（1674年），重建大成殿、廊庑及仪门等，兵部尚书李之芳为之碑记。

    康熙二十二年（1683年），清圣祖手书“万世师表”匾额。

    雍正四年（1276年），清世宗手书“生民未有”匾额。

    乾隆三年（1738年），清高宗手书“与天地参”匾额。

    乾隆四十三年（1778年），朝廷拨银修葺家庙、重建庙前跨街牌坊。

    嘉庆三年（1789年），清仁宗手书“圣集大成”匾额。

    道光元年至三年（1821－1823年），衢州两任知府周镐、谭瑞东先后集资对家庙进行大修，全城官佐及五县士民踊跃捐银捐物，其中左营守备刘龙标捐资犹巨。此次大修，将思鲁阁从大成殿后移至大成殿西面，并将大成殿加高五尺，部份楹柱改木为石，崇圣祠以下，尽皆拓新，建成今日之规模。清宣宗手书“圣协时中”匾额。

    咸丰二年（1852年），清文宗手书“德齐俦载”匾额。

    同治三年（1864年），驻衢闽浙总督左宗棠捐银700两修葺家庙，府县两级亦相继拨款。清穆宗手书“圣神天纵”匾额。

    光绪七年（1881年），清德宗手书“斯文在兹”匾额。

    宣统元年（1909年），溥仪颁“中和位育”匾额。

    民国六年（1917年），北洋政府大总统黎元洪手书“道洽大同”匾额。

    民国八年（1919年），北洋政府改颁布《崇圣典例》改南宗五经博士、孔子73世嫡长孙孔庆仪为“大成至圣先师南宗奉祀官”，世袭。1923年冬，孔庆仪逝世，孔子74世嫡长孙孔繁豪袭任“大成至圣先师南宗奉祀官”。1944年10月，孔繁豪逝世，孔子75代嫡长孙孔祥楷承袭“大成至圣先师南宗奉祀官”。这年，孔祥楷虚岁6岁。

    孔祥楷生于1938年1月，1961年毕业于西安建筑科技大学，曾任河北金厂峪金矿矿长、沈阳黄金学院副院长、衢州市市长助理、衢州市委统战部部长、衢州市政协副主席，现任浙江省政协委员、衢州市孔氏南宗家庙管理委员会主任，主持孔氏南宗家庙的日常工作。

    抗战时期，日军二次占领衢州，家庙中乐器、礼器被掳略一空。1947年，国民政府曾拨款维修。1959年和1961年浙江省文化厅和衢县县政府曾拨款维修。1984年，衢州市政府拨款对家庙的主体建筑进行维修。1988年，衢州市政府再次拨款对家庙进行维修，并复建圣泽楼和修葺思鲁阁。1989年12月 12日，浙江省人民政府公布孔氏南宗家庙为省级文保单位。1996年11月20日，国务院批准孔氏南宗家庙为全国重点文物保护单位。2000年5月，衢州市人民政府主持复建的家庙西轴线与孔府竣工，耗资1800万元。   
 

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