解放以后,国家对吉林文庙古建筑的保护非常重视,1965年经吉林省拨款,在北京购黄琉璃瓦,并特聘北京古建专家,对吉林文庙大成殿进行维修,共耗资人民币20余万元。
吉林文庙自建成到“文革”之前经历过6次较大规模的维修。“文革”期间,遭到了严重破坏。
1961年,吉林文庙被吉林市人民委员会公布为吉林市重点文物保护单位。
1985年,国家、省、市先后拨款340余万元人民币对吉林文庙进行了修葺。
1987年,吉林文庙被吉林省政府公布为吉林省重点文物保护单位。
1990年9月28日,以吉林文庙为馆址成立了吉林市文庙博物馆,并正式对外开放。
1991年5月,在大成殿内塑孔子、四配、十二哲人泥塑像十七尊。
1995年,在吉林文庙第一进院落修建了东北第一座碑林——吉林碑林。
2006年5月25日,国务院批准吉林文庙为第六批国家级重点文物保护单位。
2007年,拆除了三进院落70年代建设的与崇圣殿并列相距不足两米的两层办公楼,消除了重大火灾隐患。
2007年9月,接管了吉林文庙西墙外(原吉林文庙文昌宫旧址)文化管理办公室(旅游超市),整修后二楼一部分(400多平方米)作为吉林市文庙博物馆办公场所。
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