大成殿、两庑、崇圣祠奉祀系国家礼制性奉祀，大成寝殿、启圣王殿及寝殿、家庙，均属孔氏家庙奉祀，为曲阜孔庙所独有。

   大成寝殿奉祀 

大成寝殿奉祀孔子夫人。孔子夫人亓官氏系宋国人，孔子十九岁与其结婚，育有一子一女，先孔子7年去世。宋大中祥符元年(1008年)追封为郓国夫人，元至顺三年(1332年)加封为大成至圣文宣王夫人，明嘉靖九年(1530年)随孔子改称至圣先师夫人。孔子夫人原与孔子同堂祭祀，唐代已有专祠。早期曾有塑像，后改为木主，现木主书“至圣先师夫人神位”。

   启圣王殿奉祀 

启圣王殿奉祀孔子之父叔梁纥。宋大中祥符元年追封其为齐国公，元至顺元年加封为启圣王，明嘉靖九年改称启圣公。宋代时孔庙内即建有齐国公殿专祠，明嘉靖九年增加颜无繇、曾蒧、孔鲤、孟孙激配享，程珦、朱松、蔡元定从祀，万历二十三年增加周辅成从祀。清雍正元年复改为只祀叔梁纥。有塑像，“文化大革命”中被毁。

   启圣寝殿奉祀

启圣寝殿奉祀孔子母亲颜徵在。颜徵在生孔子17年后去世。宋大中祥符元年追封为鲁国夫人，元至顺元年加封为启圣王夫人。自宋代孔庙内即有专祠，现无像，只设木主。

   家庙奉祀  

家庙中祀孔子夫妇，左祀孔鲤夫妇，右祀孔伋夫妇，再左祭祀孔氏中兴祖、四十三代孙孔仁玉夫妇。

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