历经两千多年历代的重修扩建，使得曲阜孔庙形成了规模宏大的古代建筑群。与北京故宫、承德避暑山庄并称为全国三大古建筑群。曲阜孔庙的整体部局是由孔子当年的故居长期发展而来的。孔庙建筑发展所追求的建筑效果是通过建筑群整体所造成的环境来完成烘托孔子的丰功伟绩和其完整理论的高深博大。同时，它又是中国传统思想文化的集中体现载体。因此，曲阜孔庙建筑的艺术表现力首先是它的总体布局及建筑序列的完整性；其次是它的个体建筑的处理及每道院落的格局。每个殿、堂、楼、门、亭等都充分地显示出了各自的重要作用。第三是个体建筑的细微方面，充分体现了我国古代建筑家们在设计和施工方面的无与伦比的建筑艺术成就。曲阜孔庙建筑的特点就在于它与中国传统思想文化的高度统一。
（1）封建皇统政治色彩突出
曲阜孔庙采用了古代传统的宫庭式建筑形式。经历了历史上的多次重修扩建，在每一次较大的扩建时，都必然会受到前代建筑形制、建筑规模及建筑格局等因素的约束和限制，然而，孔庙的建筑群体最终成功地利用了先代遗产，既体现了历史遗产的延续，又保持了它总体上的完整性，而且能够全面地将封建统治者所要体现的皇统政治色彩充分地展现出来。这首先说明了历代统治者修建孔庙是为封建统治服务这一根本目的。封建统治者推崇孔子及儒家思想并非是以儒家思想为本，而是为维护封建统治在意识形态领域所采取的手段和治国方略，尊孔是方略而不是目的。因此，孔子才得以以儒家学派创始人被推到了圣人的宝座上。孔庙的修建也就理所当然地由统治者以统治目的为出发点，自始自终贯穿了王者宗庙、宫庭皇统等因素来作为修建孔庙的基本指导思想。如天子五门之制，从前到后有圣时门、弘道门、大中门、同文门、大成门并设九进院落以显大数。王城角楼之制，孔庙角楼建于宋元时期，而宋元时期孔庙的规模仅到现在的大中门，大中门两侧的角楼和孔庙后面的两角楼的建筑形制就是仿王城所建造的。还有王者宗庙因素，如门戟之制、前殿后寝之制等。东西华门的设立也是皇城制度的仿效。弘道门前的璧水桥，棂星门两侧的下马碑、包括明代城墙的万仞宫墙城门，都在体现着曲阜孔庙的皇统政治色彩。古代黄色为皇家专用，龙凤图案亦为皇家的基本标志，而孔庙中路的大部分建筑都覆以黄琉璃瓦，奎文阁、大成殿、寝殿的建筑等级为仅次于北京故宫太和殿的歇山式重檐建筑规格，且均配以龙凤图案。这事实上是用皇家的规格来突显孔庙的品位。杏坛的建筑采用十字结脊、四面悬山的古代建筑的最高规格，亦是用皇家的形式来表彰孔子在教育上的卓越功绩。
（2）儒家思想特色突显
建设孔庙的本身是标榜孔子及儒家思想。因此，孔庙的建设也就处处体现了儒家思想理论博大精深这一基本指导思想。
首先体现的是中正思想。孔庙的历代扩建，自始至终遵守着一条中轴线，无论哪一个时期的哪一次扩建，都力求最大限度地达到左右对称的目的。如德侔天地坊与道冠古今坊的对称、快覩门与仰高门的对称、明代御碑的位置对称、东西斋宿的对称、东西华门的对称、承圣门与启圣门的对称、神厨与神庖的对称等等。特别是金丝堂，金丝堂本身是为纪念孔子九代孙孔鮒藏书而建的，原址在孔庙东路，宋真宗天禧年间扩建孔庙时有“正殿东庑门外曰燕申门（现在的承圣门），其内曰斋厅，厅后曰金丝堂，堂后则家庙”（清乾隆版《曲阜县志》）的记载，明弘治年间扩建孔庙，因金丝堂、故宅井、诗礼堂、鲁壁等纪念性建筑的纪念始因均发生在孔子故宅附近，而孔庙西路则建筑物较少，为达到东西对称的目的，将金丝堂改建于启圣殿之前，又建乐器库以达到与诗礼堂东配房相对称的效果。宋元时期的孔庙正门称中和门，后改名为大中门，其本意亦是标榜中庸之道。
其次是礼仪思想的体现。孔子提倡人类社会应平衡于一定的等级秩序中，用一定的礼仪制度来约束人们的行为，孔庙的建筑形制也充分体现了这一思想。如庙前两侧的下马碑、斋宿、诗礼堂等建筑；大量的礼器祭器的陈列；主体建筑与附属建筑的掩映相称，从祀者严格的等次排位，等等，均体现了这一基本思想。
第三是大同思想的体现。整体建筑格局的完美性亦体现出这一思想。特别是以奎文阁为主体的前后一组建筑群体，前为大中门和同文门，尤其是同文门，本意取自《礼记》“书同文，行同伦”，意为统一语言、统一文化、统一思想，使整个人类思想统一到儒学思想上来。如同队伍行军，须得步调一致。奎文阁前有四幢明代御碑，后为唐、宋、金、元、清等朝代御碑五十余幢，以孔子思想的感召力将历代的帝谕帝诰有序地统一在奎文阁的周围，象征着朝代更替和否定造成的基本思维的隔阂在孔子大同思想下的化解。召示着人类走向大同的追求和向往。
第四是儒家教育思想的体现。孔庙建筑重点突出了孔子在教育上的突出业绩。在孔庙的中心院落即大成殿院的最中心建造建筑规格最高的“杏坛”，其作用就是烘托孔子的教育成就。孔庙的每个个体建筑，其规模、式样、结构、等级标准等，既考虑到它的特殊作用，又考虑到它所处的环境因素，以达到整体的协调和显示它特殊作用的效果。杏坛位于大成殿院内正中，主体建筑大成殿座落在高台之上，特别高大突出，两边用东西两庑相配，前有大成门及“金声”、“玉振”二门与两庑相连，后有寝殿及两侧门与两庑相连，一百间长廊连接着大成门和寝殿形成一个严谨的廊庑院落，在这个院落中祭祀着孔子、孔门弟子及历代先儒们，均尊孔子为祖师，中间配以杏坛，尽管它不是主体建筑，但确恰到好处地体现了孔子伟大成就之核心。
第五是体现儒家思想体系的博大精深。孔庙的第一道石坊称“金声玉振”坊，句意出自孟子语“孔子之谓集大成，集大成者，金声玉振之也。金声也者，始条理也，玉振之也者，终条理也”（《孟子•万章下》）。孟子以完美无缺的乐曲来比喻孔子思想，赞扬孔子思想集古圣贤之大成。孔庙内大成殿、大成门均出此意。在建筑格局上，门前以“金声玉振”坊、“棂星门”坊、“太和元气”坊、“至圣庙”坊作引子，两侧以“德侔天地”、“道冠古今”二牌楼作呼应，以比较密集的排列方式渲染出孔子思想的深奥性。引入正门即圣时门后，一所空旷大院，古木森森，远观弘道门及门前的璧水桥，给人以心旷神贻且庄严肃穆的感觉，人们在朝圣行进的过程中会不自觉地调整自己的心态，环顾左右，配以“快覩”、“仰高”二侧门，恰到好处地迎合了人们此刻的心里状态。这种效果的体现，是孔庙建筑布局的极大成功。进入弘道门，又一进大院，除森森古木之外，别无他物，迎面仅有大中门及两侧的角楼。此院的作用是进一步增强人们的猜测心理，感觉孔庙的庄严气氛。进入大中门，隔同文门可见奎文阁的庄严气派，然而它仍然不是主体建筑。绕过奎文阁，是排列密集的十三碑亭院，奎文阁两侧配以低矮建筑，大成门东西一线高低错落的五门并立，与十三碑亭交相辉映，这时人们会有含量丰富、底蕴丰厚之感觉。引入大成门，主体建筑被杏坛及两侧的古木遮掩，且曲阜孔庙大成殿院的建筑形制，是中国古代建筑中的一个特例。使人们有一种全新的感觉。当走过杏坛后，大成殿雄伟壮丽、高大巍峨的建筑型体才豁然出现在人们的视线中，使人们不得不望而兴叹！曲阜孔庙这种引导人们思维感情的功能，是曲阜孔庙建筑格局的又一突出特点。
（3）纪念性建筑特点突出
曲阜孔庙是孔子故宅长期发展扩建而成的，它保存了许多有关孔子的古迹。故宅井，相传为孔子生前使用的吃水井。杏坛是纪念孔子讲学的地方。宋代以前孔庙内没有杏坛，最早记载杏坛一事的是《庄子•渔父》，“孔子游于缁帷之林，坐休乎杏坛之上，弟子习书，孔子弦歌鼓琴”《庄子集解》注杏坛为“泽中高处也”；《庄子集释》疏曰：“缁，黑也。尼父游行天下，读讲诗书，时于江滨休息，林，籁其林，鬰茂蔽日阴沉，布叶垂条又如帷幕，故谓之缁帷之林也。坛，泽中之高处也，其处多杏谓之杏坛也”（《诸子集成》•上海书店•第三卷•《庄子集释•渔父第三十一》）。相传孔子因季氏僭于公室，陪臣执国政，故不仕。退而修诗书礼乐，以教弟子，称为“杏坛设教”。至于孔子生前的杏坛在什么地方已无法考证。宋天禧二年（公元1018年），孔子第四十五代孙孔道辅监修孔庙，将正殿扩建，位置向后移。以原殿旧基砌以砖台，“环植以杏”，以彰孔子教育之绩。金代于坛上建亭。杏坛，是纯纪念性建筑。
鲁壁和金丝堂均为纪念孔子九代孙孔鮒藏书的纪念性建筑。秦始皇二十八年（公元前219年），东行郡县，“观礼于鲁”（《水经注•泗水》），因孔鮒精通六艺被秦始皇召为鲁之文通君。秦始皇三十四年（公元前213年）下令焚书，孔鮒藏《论语》、《尚书》、《孝经》等于孔子旧宅壁中，走隐嵩阳，教授弟子。陈涉起事以后，“鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王，于是孔甲（孔鮒字甲）为陈王博士，卒与涉俱死”（《史记•儒林列传》）。孔鮒最后死在了秦末农民反秦起义军中。西汉时期，鲁恭王刘余“好治宫室苑囿狗马，季年好音”（《史记•五宗世家》）“恭王初好治宫室，坏孔子旧宅以广其宫，闻钟磬琴瑟之声，遂不敢复坏，于其壁中得古文经传”（《汉书•景十三王传》）。《艺文志》、《刘歆传》等均有与此大体相同的记载。鲁壁藏书的发现，引发了汉代今古文经学之争，不仅是经学发展的一件大事，更是中国文化史上的一件大事。孔庙鲁壁即是这一事件的见证，因毁壁时有金石弦丝之音，故又建金丝堂以为纪念。
诗礼堂是纪念孔子教子读经的纪念性建筑。故事出自《论语》：
陈亢问于伯鱼（孔子之子，孔鲤字伯鱼）曰：“子亦有异闻乎？”对曰：“未也。尝独立，鲤趋而过庭。曰：‘学诗乎？’对曰‘未也’。‘不学诗，无以言’。鲤退而学诗。他日，又独立，鲤趋而过庭。曰：‘学礼乎？’对曰：‘未也’。‘不学礼，无以立’。鲤退而学礼。闻斯二者。”陈亢退而喜曰：“问一得三，闻诗，闻礼，又闻君子之远其子也。”（《论语•季氏》）
孔子教子学诗学礼，历来传为美谈。元代初年，孔家“作堂私第，名以诗礼，亦不忘过庭之教”（《阙里志》•明万历补本）。明弘治十七年（公元1504年）重建，属孔庙组成部分，以纪念孔子教子读经。一般孔庙祭祀之前在诗礼堂演习礼仪。清康熙、乾隆来曲阜时，也在此听孔子后裔讲经。
先师手植桧树相传为孔子亲手所植。此树高大劲拔，枝冠如伞，树身似铜，高达十五、六米。最早记载见于唐人封演所撰《封氏闻见记》：“兖州曲阜文宣庙内并殿西南，各有柏叶松身之树，各高五、六丈，枯槁已久，相传夫子手植，永嘉三年（公元309年）枯死。”隋大业十三年（公元617年）复生，唐乾封二年（公元667年）又枯；宋康定元年（公元1040年）再生，金贞佑二年（公元1214年）毁于兵火。元至元三十一年（公元1294年）由三氏学堂教授张闿将原东庑废墟上发出的桧树苗移植于现树址，明弘治年间毁于火灾，现存桧树是清雍正十年（公元1732年）复生的。先师手植桧历来受到重视，“此桧日茂则孔氏日兴”将它和孔氏子孙的命运联系在一起。宋代米元璋（米芾）将手植桧与封建统治联系在一起；“矫龙怪，挺雄质，二千年，敌金石，纠治乱，如一昔”。
作为纪念性的建筑群体，庙内的石碑也就成了它又一个组成部分。庙内石碑1172幢，主要有修庙记、祭文、谕诏、赞辞、记铭等，具有重要的史料价值和书法艺术价值。特别是汉魏碑刻，在国内外均享有盛名。
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