1897年李金福翻译了《至圣孔夫子》，1900年陈庆忠和尤才祥合译《大学》和《中庸》。同时，在爪哇岛也出现了一些弘扬孔子学说的周刊，1903年东爪哇泗水，中爪哇梭罗，以及1904年西爪哇茂物都先后出版了宣扬孔子学说的报刊和杂志。这类翻译著作和报刊相当有利于当时土生华人了解孔子的学说。中华会馆主要领导人之一李金福写了一篇〖华人宗教〗的文章，肯定宗教是文化的一个组成部分，而华人的宗教存在於孔子学说中。简而言之：李金福肯定了孔子学说是华人宗教的精髓。
中华会馆认识到，要使印尼的华人对孔子的学说有一定的理解，必须使他们懂得华语。於是，中华会馆努力从事华文教育工作。至1919年，中华会馆开办的华文学校已达200多。当时的中华学校必悬挂孔子像，在孔子生辰和忌辰，分别放假一天，尤其在孔子生辰，都会举办活动，以示纪念。后来的中华会馆逐渐热哀於兴办华校，部分尊孔人士便在印尼各地组织孔教会，把中华会馆初期弘扬孔子学说的任务接管过来。
印尼各地的孔教会，有的是从中华会馆分离出来的，如梭罗的孔教会；有的是中华会馆以外自立团体的，如泗水和三宝垄的孔教会。
1920年，泗水孔教会出版孔教杂志《入德之门》。
1923年印尼各地孔教会代表在中爪哇梭罗市举办了第一次全国代表大会，大家一致同意成立孔教总会，并把总部设在万隆，大会的具体报告刊登在1923年12月8日的《孔教月报》。
随着孔教会的发展，梭罗孔教会邀请爪哇各地的孔教会在1938年12月5日举行全爪哇孔教会联合会议，在会上选出了孔教总会的领导机构，其中张震益和胡英恭分别担任为期三年的总会主席和秘书。大会还决定创办《木铎月刊》作为孔教总会联系各地分会的月刊。而孔教总会的主要任务是协调各地宣道人员的工作。
1925年印尼中爪哇华人陈文盛把《孝经》翻译成印尼文，当时的华人把《孝经》看作是孔子的基本学说之一。
1934年印尼华人社会出现了另一个华人宗教团体―― 三教会，主要宗旨是弘扬三教 ( 孔教，佛教和道教 )，创办人是曾经活跃在中华会馆的土生华人作家郭德怀。
1942年日本侵占印尼，日本认为《孔教总会》反对日本。而下令冻结其一却活动。这期间的华人宗教活动都十分低调的分散在各地进行。
1942年－1945年日本占领印尼期间，孔教会礼堂大都成为难民收留所，真正应了孔圣人讲的“四海之内，皆兄弟也。”
1954年12月11－12日，部分孔教人士在中爪哇梭罗召开了代表会议，探讨重组孔教总会的可能性。翌年4月16日，成立了以郭谢卓博士为主席的印尼孔教联合会( Perserikatan Kung Chiao Hui Indonesia )。自此，4月16日即成为印尼孔教会的成立日，2007年4月16日，印尼孔教最高理事会在庆祝成立52周年纪念日上还举行孔教千人祷告会，祈求印尼国泰民安，风调雨顺，早日脱离经济困境。
1956年，1957年和1959年先后举行了印尼孔教联合会第一；二；三次全国代表大会及修改孔教联合会的章程等事务。
1961年在梭罗举行的 第四次全国代表大会上作出了几项决定，统一印尼孔教教规，把“印尼孔教联合会”改名为“印尼孔子学说协会”( Lembaga Ajaran Sang Khongcu Indonesia ), 并拜会宗教部长，要求确认孔教在印尼宗教部的合法地位。
1963年12月，印尼孔子学说协会在西爪哇茂物举行会议，又将其团体改名为“全印尼孔教联合会”( Gabungan Perkumpulan Agama Khonghucu se-Indonesia )。
1964年5月在西爪哇斗望市( Tasikmalaya )举行的全印尼孔教联合会第五次全国代表大会上，决定把该团体改名为“印尼孔教联合大会”( Gabungan Perhimpunan Agama Khongcu Indonesia )，并重新组织全印尼孔教青年联合会。
1965－1967年期间分别由曾锦礼和柯贵安担任上述两个团体的主席。
1967年8月，印尼孔教联合大会在梭罗举行第六次全国代表大会，大会决定将印尼孔教联合大会改名为“印尼孔教最高理事会”( Majelis Tinggi Agama Khonghucu Indonesia ), 并推选陈盛和 任1967－1969年的主席。到2006年11月在雅加达举行的印尼全国代表大会为止，印尼孔教还是保持沿用“印尼孔教最高理事会”为名。
1969年12月在中爪哇北加浪岸市举行了第七次印尼全国孔教代表大会，推选柯贵安为1969－1971年度主席。
1971年12月，印尼孔教最高理事会举行了第八次全国代表大会。
1975年12月19－22 日在西爪哇丹格琅举行了 孔教圣职人员全国代表大会，来自印尼25 个地区的圣职人员代表真 修整了印尼孔教的敬拜礼仪及孔教结婚仪式。
1978年11月18日，印尼内政部发出传阅公函，明文指出政府只承认回教，基督教，天主教，印度教和佛教。自此，印尼孔教就这样被“合法”的排除在外。
1979年九月，印尼孔教会应邀参加在纽约举行的“宗教信仰促进世界和平”大会。
1984年八月也应邀参加在非洲肯尼亚奈洛比举办的“宗教信仰促进世界和平”大会。
1987年正月15日，因为受到当局的多方限制，印尼孔教最高理事会内部有限的代表大会上推选住在茂物的陈王礼为1987－1991年度的主席。在陈王礼任职期间，印尼孔教会开始和新加坡孔教会取得联系。
1987年3月14日，印尼孔教全国最高理事会，为了适应政府新出的98年第8号宪法而修改了章程。
1993年，印尼孔教全国最高理事会第12届全国代表大会上推选黄金泉为执行主席。由这一年开始，印尼孔教会的领导班子开始转移到华族年轻高级知识分子。
1998年8月22－23日，印尼政府开始放松对孔教会的管制，所以印尼孔教会能够借用政府宗教部的回教哈夷宿舍举行第13次的全国代表大会。当时的宗教部长马力克法喳也为大会举行开幕典礼。这次大会选出黄金泉为主席，陈清明为秘书。
2002年9月13－15日，在同样的地方举行了印尼全国孔教最高理事会第14 次会议，开幕时，印尼人协主席阿敏拉依斯，政治安全统筹部长苏西络(现任总统)，宗教部长，教育部长，国家监督机构部长郭建议，前任总统瓦希特及各宗教代表都有出席，大会选出陈清明为2002－2006年度的主席，秘书为林孔晟。
2006年11月现任总统苏西洛及多位部长出席了印尼孔教 最高理事会举行的第五次全国代表大会大会选出主 席 为 陈清明，秘书林孔晟及财政孙春连。
改革开放后的印尼政府大体上已经把孔教徒的基本社会职权恢复，孔教徒可以在自己的居民证宗教信仰一栏填上“孔教”，并以孔教仪式进行结婚礼然后在政府民事登记部注册，信仰孔教的学生也可以在学校的宗教课里学习四书五经。然而，经过印尼新秩序政权三十多年来对华文教育及中华文化的全面封禁，并多方限制孔教会活动的后果，使目前的孔教会面临人力资源的空前缺乏，再加上国民学校在新的学年里肯定需要大批教四书五经的宗教老师，还有，印尼孔教会上层领导与中下层领导的文化差距太大，所以印尼孔教会在弘扬孔教的实际工作上真是名副其实的任重而道远。
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