宋庆历三年（1043年）至1911年，尼山孔庙及书院由孔子嫡系长孙历代衍圣公府（孔府）负责派员管理、养护，筹办祭典等有关事宜。元、明、清各代屡加重修和扩建。

    明清时期，尼山书院设有山长、学录等管理人员，官秩从九品，后改为八品。由衍圣公从弟侄或近支族人中选为“德行秀异者”充任或由孔府执事官兼任。民国改衍圣公为大成至圣奉祀官，职仍其旧。

    1949年新中国成立，由曲阜市文物管理委员会负责管理和保护，加强古建筑维修和古树养护，山坡绿地补植树木，并做好避雷、防火和安保工作。并多次对尼山孔庙及书院进行过文物调查和登记。

    20世纪80年代曲阜文物管理部门又对尼山孔庙及书院进行了详细的文物调查和登记。之后，曲阜市文管会会同同济大学对尼山孔庙及书院现存建筑的时代、地理环境、总体布局等进行了科学的调查与记录。

    2003年，曲阜市文物局邀请天津大学建筑工程学院对尼山孔庙及书院所有建筑进行了测绘。近年来，曲阜市文物管理部门对孔庙及书院进行了多次维修，并成立了尼山文物管理所，作为尼山孔庙及书院文物保护管理的主要职能部门，专职负责尼山孔庙及书院的各项管理事务。目前，这批建筑物保存状况良好。

    近年来，每年都投入大约20万元对尼山孔庙及书院内所有古建筑进行正常保养性维修，每年春秋两次对古建筑层面进行拔草倒垅，勾抹修补，查补雨漏等工作，确保古建筑处在完好的状态。

    1977年公布为山东省重点文物保护单位。2006年，被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。同时，尼山孔庙及书院还被中国教科文组织列为世界遗产曲阜孔庙孔林孔府的拓展项目预备名单。
   
    尼山孔庙及书院沿着历史的轨迹，背负着时代的沧桑、荣辱和兴衰，寄托着人们的精神家园，艰辛而顽强地走到了历史的今天。我们敬仰着它，呵护着它，多么地希望它成为有感知的生命体，能够与我们进行对话、交流。祝福它，担负着传承儒家文化的社会教育功能，一直走到遥远的未来。   

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