曲阜以外的孔庙建设，大多始于北魏时期。北魏孝文帝太和初年，下诏郡县立学祀孔子，为孔庙在各地的兴起奠定了基础。
《魏书•地形志》记载：“鲁县有叔梁庙”。唐《括地志》记载：“叔梁纥庙亦名尼山祠，在兖州泗水县五十里尼山东址”。由此推断，尼山孔庙建筑群应始建于北魏时期。这时的尼山建筑群，其功能主要是纪念孔子父亲。
自北朝至隋，全国太学及各州、县学，凡立学必祀孔子，使其既有祭祀功能，又有教学功能，以初步显现出庙学合一的雏形。唐代早期，随着儒家思想在各地的广泛传播和统治者的重视，唐太宗下诏“州县皆特立孔子庙”。自此孔庙遍布全国各地，但称之为县学或学宫者居多。从此，各州县大多在学宫旁边建立孔庙，俗称“文庙”，或在当地孔庙内设立学宫办学。“庙学合一”初步形成。
五代后周显德（954—960年）年间，兖州太守赵侯于孔子诞生地曲阜尼山再建庙祀。由于史料记载太少，推测赵侯所建庙祀仍以祭祀孔子和其父母为主。此时的尼山孔庙是否有教育功能不得而知。但五代时期（907—960年）的历史背景是：由于连年的战争和动乱破坏了大批官学，使官学废弛，教育事业多赖私人讲学维持，因而一些信奉儒家教化理论的人建立起书院，以弥补学校数量的不足。以教育为基本职能的书院是在宋朝建立之前不久出现的。这时书院很少，都以培养学生参加科举为基本目标，同一般官学并没有太大区别。因此，赵侯所建庙祀似乎也应有书院或官学的教育成分。
宋初，统治者仍在忙于军事征讨，对兴学设教并不十分投入，于是私人讲学的书院遂得以进一步发展，形成影响较大、特点突出的教育组织。此时在各地孔庙组群上，也出现了类似明伦堂、书院、国子监等学宫式的建筑。宋景佑二年（1035年），时任苏州知州的北宋名臣范仲淹将州学和孔庙结合在一起，正式创办了“庙学合一”的体制。“庙学合一”规制的建立，也确保了儒家学说的正统地位。
尼山建庙后的宋仁宗庆历三年（1043年），兼任曲阜知县的孔子第四十六代孙、文宣公孔宗愿始对尼山孔庙进行扩建，“作新宫庙，有殿、有寝、有讲堂、有学舍、有祭田。”此时的尼山孔庙已基本具备了祭祀和教学的双重功能，使其形成一组庙学合一的建筑群。
仁宗朝中期，社会矛盾激化，由于统治者一直把教育视为控制人民的工具。于是，学校又受到重视，州县学大批涌现，而各地书院则迅速走向衰落。因为中国古代早就形成了完整的地方学校系统，而书院这时出现不太久，还没有统一的管理制度。在当时人们看来，各地应该有州县学，却不一定要有书院。
因此，官府将一些书院改成州县学。州学和县学兴起之后，管理较好，又有比较充裕的钱粮供给。于是士人纷纷离开兴废不常的书院．转入州县学。有些书院就是在这样的情况下关闭的。
到仁宗朝（1022-1063年）末年，北宋前期比较有影响的书院全部消失了。以后一个世纪，太学和州县学等传统的官办学校在教育领域独领风骚，而书院却变得良莠不齐、默默无闻。估计尼山孔庙及书院的办学规模不会太大，办学时间亦不会太长。所以此时的尼山建筑群称谓应仍为尼山孔庙。
金明昌五年（1194年），衍圣公孔元措又以维修孔庙羡田四千余贯，兴工大修尼山孔庙，并增建寝殿。使其形制与今庙大体相同。这时私立书院大多向官办学校靠拢。在被纳入朝廷正统教育体系之前，宋代的书院教育在孝宗和光宗时期有一定的特色。但在南宋后期受到中央政府直接控制之后，书院和其他官办学校已经没有多少区别。所以，金代的尼山孔庙除祭祀孔子外，其办学情况受时代的影响，也不会有多么大的贡献。
元代，朝廷继承了南宋后期的教育政策，把书院列入全国官办学校系统，从景定元年（1260年）起，中央政府向每个州派出一名书院山长。祭祀式书院通常都设有专门主持人，称山长，又称院长、洞主、教授等，其承担的职责是书院教学、行政管理的总主持人。政府规定担任这个职务的必须是正式通过科举考试或从太学毕业的官员。在景定三年（1262年）或四年（1263年），朝廷将担任书院山长的条件提高到跟州学教授一样。由于朝廷向各州派出山长，州级书院就成了官办地方教育的法定组成部分，书院和州学的教育也没有太大的差别。
元初，尼山孔庙几近衰败。元人虞集记载：“宋金至于今，盖三百年矣”。当时已是“除荆棘，彻瓦砾，得殿及门之故基。诸舍之所在，次第而见”。元至顺三年（1332年），五十四代衍圣公孔思晦上书要求重修尼山祠庙。山东东西道廉访使首先出俸，临州李彦博、邹县尹张士谦、宗子孔克坚、孔子五十五代孙袭曲阜尹孔克钦及齐鲁贤卿大夫士民等，出钱修建尼山孔庙。
由于元朝的书院，据称“几遍天下”。故元顺帝至元二年（1336年），中书左丞王懋德奏请在尼山创建书院。并保举彭璠为山长，获准。彭璠上任后不久的元至元四年（1338年），由廉访佥事杨讷等捐资，彭璠以私银祭告山神后，开始大规模在尼山孔庙内讲堂和学宫的旧址上重建尼山书院。“作大成殿、大成门、神厨，作明伦堂、东斋、西斋、东塾、西塾，作毓圣侯庙，作观川亭”，“学堂在庙之西，仿国子监之制也”。“继以塑绘圣贤之像成，乐器祭器以次第成”。
此时共修建了大成门、大成殿、毓圣侯祠、学宫、观川亭，并于大成殿内塑孔子像，绘圣贤像，造乐器、祭器，修建工程于元至元四年（1338年）秋八月完工。五十四代衍圣公孔思晦并为山长彭皤置弟子员。
据元人虞集在《尼山创建书院记》中记载：修建此书院时，“凡齐鲁之境贤卿大夫，民之好事者，出钱而劝成之。释木于山，陶甓于野，庸僦致远，牵牛车，服力役，连畛载途，饮饷相望。”
此时尼山孔庙已公开称为尼山书院，使这组建筑群完全具备了祭祀和教育两种功能，成为真正意义上的庙学合一。但由于书院教育受当时官方的控制甚严，缺乏论辩争鸣的气氛。尼山书院和全国大多数书院一样，并无书院自由讲学的特点，几乎与官学无太大的区别，从而使尼山书院延续时间并不太长。元至元十四年（1354年），又增塑四配像。元末明初，尼山书院败落。张敏所撰《尼山新庙碑》云：“元远既去，毁于兵燹，故址颓甚，鞠为茂草。春秋祭祀，扫地而行，触目荒凉，诚为可叹”。
明代，统治者对儒家思想达到了前所未有的尊崇，表现为在全国各地大兴修建孔庙之风，并对曲阜的孔庙进行大规模的修缮扩建，在孔庙举行的祭祀活动也格外隆重，尼山孔庙及书院的发展也上升到一个新的阶段。
在书院的发展过程中，明代承前启后，地位十分重要，虽然前期经过近百年的沉寂，此时却得到了突飞猛进的发展，这时的书院不仅涉足地方文化建设，在民间规范了百姓风俗，使书院具有了平民化的特色。虽然在书院管理上有地方政府的介入，但书院最终却不能象元代时那样，纳入官学管理的范畴。
明洪武十年（1377年）即对尼山孔庙及书院进行了重修。明永乐十五年（1417年），孔子五十九代孙衍圣公孔彦缙等又对尼山孔庙及书院发起重修“鼎新重建，正殿三间，高广如制。其西则为毓圣侯殿，其西北则为启圣王殿，又其北则为启圣王夫人殿也，神门三间，斋厅五间，庖有庐，祭器有库，缭垣云矗，如矢斯棘。”。并建神庖、神厨及庙垣等。明弘治七年（1494年），六十一代衍圣公孔弘泰、四氏学学录孔公璜又用修建孔庙的余资修建尼山书院。万历十七年（1589年）再次重修。
有明一代，尼山建筑群的保护与管理得到了各方面的重视，孔庙祭祀空前繁盛，书院教育得到进一步发展，书院管理日臻完善。此时的尼山书院似应随着全国尊孔活动的主流而更多地承载着祭祀功能。但仍被称大多史料称为尼山书院。
清朝继承了明代的文化思想体系，仍把儒家文化作为意识形态的主流，掀起了新一轮的尊孔高潮。清朝在雍正十一年（1733年）开始建立全国的官办书院系统，把书院教育作为国家正统教育体系的组成部分。到十九世纪后半叶，清朝严重腐败，府州县学普遍停止教学，书院更成为落后的传统教育在全国各地的最后堡垒。清代的尼山书院已基本上不再以办学为目的。但其祭祀功能得到了进一步加强。
清康熙十四年（1675年），孔子六十七代孙孔毓圻重修尼山孔庙及书院，并易土墙壁为砖石墙。清康熙十三年（1674年）、雍正二年（1724年）、乾隆二十年（1755年）先后三次对尼山建筑群进行重修。据《曲阜县志》乾隆本记载，乾隆年间的这次维修，建筑规模和布局与现在基本相同。
清道光二十六年（1846年），七十四代衍圣公孔繁灏奏请朝廷，拨银三万一千五百五十两重修。并增建棂星门、神庖厨、坤灵洞、碑亭、北门和尼山书院等建筑，至道光二十九年，大规模重修竣工，形成现在规模。立《重修尼山书院纪恩碑》一通。由此判断，此时尼山孔庙和尼山书院的建筑、互称区分开来，庙后所建四合院式建筑独称尼山书院。尼山书院只是用来作为尼山建筑群管理者的住所，其作为书院的教育功能只具有一定的象征意义。书院山长的主要职责只是主持尼山孔庙的祭祀活动。
清代以后的1924年，香港商人郭祯祥捐银四万元重修尼山孔庙。1925年，孔子七十七代孙孔德成再度重修尼山孔庙，此外，又维修了颜母祠、尼山书院，共耗银“四万元有奇”。
尼山孔庙及书院的发展历史表明：经历漫长的历史岁月，最终反映出上层统治者利用孔庙进行思想教育、寓教于祭祀活动之中的目的。历史上对尼山孔庙及书院的零星记载都是非常珍贵而确切的，它传递给我们的信息就是：尼山做为曾诞生过至圣先师的一片圣土，这儿既是孔庙，也是书院。它们既发挥了祭祀孔子的功能，也起到了利用儒家文化开展社会教育的作用。从文物的角度来说，尼山现存古建筑有两组：孔庙和书院，尽管尼山书院已失去其原有的意义。尼山孔庙及书院在我们的心目中，最终应该是我国古代教育事业中庙学合一的产物。
（撰文：李玉春 张超 刘岩）
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