孔子本庙就是孔子故里曲阜的孔子庙。之所以将曲阜孔子庙单独作为一个类别：一是因为它是世界上第一所祭祀孔子的庙宇，世界孔子庙的祖庭；二是因为它的性质复杂，既是孔子纪念庙，也是孔氏家庙，还是列入国家祀典的礼制庙宇。
    孔子本庙的前身就是孔子故居。孔子故居改作庙宇应该是在孔子曾孙孔白时。大夫三庙，分别奉祀始祖、祖父和父亲。孔子去世后，由于儿子孔鲤先他去世，家庙由孙子孔伋（字子思）主祀，分别奉祀始祖、孔子和孔鲤。子思去世后，家庙由子思之子孔白主祀。按照礼制规定，家庙中只能奉祀孔白的父亲子思和祖父孔鲤，无法再奉祀孔子。孔子说：“古者祖有功而宗有德，谓之祖宗者，其庙皆不毁”，古代尊有功的先人为祖，尊有德的先人为宗，祭祀他们的庙宇不能毁掉。可能就在这种情况下，孔白将仍然保存的孔子故居改成奉祀孔子的庙宇，所以司马迁记载为“后世因庙”，并不是孔子去世后就改成了庙宇。子思卒于周威烈王二十四年（公元前402），孔子故居改为孔子庙的时间应该在这一年或略后，但不会相距太远。
    孔子本庙自由故居改建后，两千多年来一直受到很好的保护，虽然在战争期间会遭受破坏，但都是旋坏旋修，从未废弃，成为世界上延续时间最久的庙宇……

纪念孔子庙其实它还可以分作两类：一类是在孔子曾经活动过的地方建造的祭祀庙宇；一类是在孔子并没有活动过的地方建造的纯粹纪念性庙宇。
    纪念孔子庙绝大部分没有列入国家祀典，只有个别的如曲阜尼山书院、洙泗书院和仪封仰圣书院等几座孔子庙列入了国家祀典。虽然各地名称不一，还应该泛称为纪念孔子庙。
    纯粹纪念性的庙宇最早出现在东汉。《水经注·阴沟水》说：“濄水又北迳老子庙东。庙前有二碑，……碑北有双石阙，……阙北侧有孔子庙，庙前有一碑，西面，陈相鲁国孔畴建和三年立”。这座孔子庙位于老子故里（今河南鹿邑）老子庙东侧，东汉建和三年（149年）所建，是目前已知曲阜以外建造最早的孔子庙。孔子曾经拜会过老子，但那是在东周的首都洛邑（今河南洛阳），并不是在老子的故里。孔子十七代孙孔畴时任陈国国相，就因这个关系在老子故里的老子庙侧建造了这座纪念孔子的庙宇。这种纯粹纪念性的庙宇非常少。
   在孔子活动地建造的第一所纪念庙宇在怀州，但始建年代不详。北魏延兴四年（474年），太上皇献文帝曾经派人前往祭祀，并将祭文刻于碑上……

为什么在一个相当长的时期内文庙人不去研究孔子、不去研究儒学，而去研究与文庙、孔子、儒学不相干的东西呢？这恐怕与我们的立国之本的转变有关。建国后，“指导我们思想的理论基础是马克思列宁主义”。儒学作为封建腐朽思想遭到摒弃。孔子自十九世纪二十年代遭到 “打倒孔家店”的笔伐，又在二十世纪七十年代的文化大革命中受到“批林批孔”的口诛。人们避之唯恐不及，谁还敢去研究孔子和儒学呢？改革开放后，随着思想禁区的打破，对民族虚无主义的反思，人们逐渐认识到文庙是可以被利用的古建筑而受到保护，因而就有了文庙人。此时的文庙人，是作为利用和保护文庙的单位的 “单位人”，而不是真正意义上的文庙人。这样的庙人，有着另一个单位，干着另一份事业，做着另一份工作，拿着另一份俸禄。衡量你的成绩、评聘你的职称、提升你的职位、展示你的形象的也全是与文庙、孔子、儒学无关或关系不大的标准和尺度。在这样的利益导向下，人们自然懒得去研究什么孔夫子、儒学之类的劳什子了。
    那么，孔子、儒学真的不值得去探究，去研讨，去借鉴了吗？答案显然是否定的。孔子是世界上公认的最伟大的思想家之一，他的思想和学说在中国几千年的封建社会中，得到了全面的尊崇和实践……